2001 yılında dönemin İstanbul Organize Suçlar Şube Müdürü Adil Serdar Saçan tarafından yapılan şafak operasyonunda Gebzespor’a darbe yapılmış, başkanı, yöneticisi, destekçisi işkence görüp hapis yatmıştı. Tüm belgelerine el konulmuştu. O süreçte asker kökenli teknik patron Yaşar İçli, dışarıda kalan yöneticilerden Selahattin Türkmen ve Metin Aydür takıma sahip çıkıp, Menekşe’yi ayakta tutmuştu. Gebzespor’un başkanı ve en büyük destekçisi o dönemin Gebze Belediye Başkanı rahmetli Ahmet Penbegüllü, ‘irticai faaliyetler’ kapsamında Gebzespor üzerinden, gözaltına alınıp, işkence görmüş ve hapis yatmıştı. Yöneticiler Temel Dinç, Necmi Özen, Arif Alpaydın, Cezmi Şekül, Gebzespor’a bağış toplayıp, kulübe hizmet ettikleri için hapis yatmıştı. O dönem kulüp yönetiminde bulunan Servet Kiriş, Abdülkadir Özpehlivan, Mustafa Özdemir, Sabri Atilla, Gürsel Şanlı, Nail Çiler, Şenol Sarışen, Şule Oğuz, Bülent Erol, Metin Aydür ise Devlet Güvenlik Mahkemesi'nde ifade vermişti. Bir takım suçlamaların da hedefinde olan isimler daha sonra aklanarak, tüm suçlamalardan beraat etmişlerdi.İÇLİ: GEBZESPOR’UN KIYMETİNİ BİLİN
Gebzespor için kâbus dolu günlere şahit olan dönemin teknik direktörü Yaşar İçli, o günleri şu sözlerle anlattı; "2001-2002 sezonuydu. İdman sonrası tesislerde dinlenirken bir gürültü koptu. Odamın kapısını açtığımda, yaklaşık 10-15 polisi karşımda buldum. Arama yapacaklarını belirterek, kimsenin dışarıya çıkmamasını istediler. O gün kulüpte ne evrak varsa hepsini alıp gittiler. Bizim için zorlu süreç o zaman başladı. İsmi bende saklı olan bir yöneticinin elime lisansları tutuşturarak, 'Hocam hakkını helal et. Kulüp sana emanet' dediği günü asla unutamam. Tabiri caizse yarı aç, yarı tok maçlara çıkarak Gebzespor’u ligde tuttuk. Bende asker emeklisiyim. O gün de söyledim, şimdi de yineliyorum. Rahmetli Ahmet Penbegüllü gördüğüm, tanıdığım en dürüst kişiydi. Gebze ve Gebzespor için suçsuz yere cezaevinde yattı. Gebze’deki herkes Gebzespor’un kıymetini bilmeli…"
Gebzespor için kâbus dolu günlere şahit olan dönemin teknik direktörü Yaşar İçli, o günleri şu sözlerle anlattı; "2001-2002 sezonuydu. İdman sonrası tesislerde dinlenirken bir gürültü koptu. Odamın kapısını açtığımda, yaklaşık 10-15 polisi karşımda buldum. Arama yapacaklarını belirterek, kimsenin dışarıya çıkmamasını istediler. O gün kulüpte ne evrak varsa hepsini alıp gittiler. Bizim için zorlu süreç o zaman başladı. İsmi bende saklı olan bir yöneticinin elime lisansları tutuşturarak, 'Hocam hakkını helal et. Kulüp sana emanet' dediği günü asla unutamam. Tabiri caizse yarı aç, yarı tok maçlara çıkarak Gebzespor’u ligde tuttuk. Bende asker emeklisiyim. O gün de söyledim, şimdi de yineliyorum. Rahmetli Ahmet Penbegüllü gördüğüm, tanıdığım en dürüst kişiydi. Gebze ve Gebzespor için suçsuz yere cezaevinde yattı. Gebze’deki herkes Gebzespor’un kıymetini bilmeli…"